Der Tod wurde ohne jeden Beweis der Judengemeinde von Oberwesel angelastet. Die Folge war eine ungezügelte Judenverfolgung, bei der über 40 Menschen zu Tode kamen. Aufgrund dieses Pogroms wurde eine diesem Werner geweihte Kapelle errichtet. Gleichzeitig setzten damals Wallfahrten zum Grabe des in der Kunibertskapelle auf dem Friedhof beigesetzten Werner ein. 1293 erfolgte die Weihe eines Altars im Südarm der Wernerkapelle, 1337 die Weihe des Ostchores. Vollendet wurde die Kapelle aber erst nach 1426 auf Betreiben des Theologieprofessors und Humanisten Dr. Winand von Steeg (1421-38 Pfarrer in Bacharach).1689 wurde die Kapelle bei der Sprengung der Burg Stahleck stark beschädigt, als Trümmer auf die bis dahin noch unversehrte Kapelle fielen. 1752 musste man wegen Bergrutschgefahr den Nordarm mit einem Figurenportal abtragen, 1787 wurden alle Dächer und Gewölbe entfernt. Im Jahr 1980 ergriff der Bauverein Wernerkapelle die Initiative zur Restaurierung der Wernerkapelle. Seit 1981 erfolgte die Wiederherstellung der Wernerkapelle unter der Leitung von Dombaumeister Wolff aus Köln. Den Initiatoren der Restaurierung war es ein besonderes Anliegen, die Wernerkapelle in der heutigen Zeit als Mahnung zum geschwisterlichen Umgang zwischen Christen und Juden zu betrachten. An der Stelle des früheren Eingangsportals informiert ein in Stein gemeißelter Text nicht nur über historische Kurzdaten, sondern fordert vor dem Hintergrund der Entstehungsgeschichte auch zum Nachdenken über eine bessere, friedvolle Zukunft auf.

Auf einer Tafel an der Wernerkapelle steht zu lesen:
Die Wernerkapelle zu Bacharach, 1289 – 1430 als einzigartiges hochgotisches Kunstwerk erbaut, als Wallfahrtskirche viel besucht, 1689 zerstört, wurde in der Zeit der Romantik als edelste aller Ruinen entdeckt. Nicht nur dies waren Gründe, sie vor dem Zerfall zu bewahren. Denn ihre Errichtung steht in denkwürdigem Zusammenhang mit der Ritualmordlegende um den Knaben Werner, die wüste Ausschreitungen gegen jüdische Mitbürger auslöste. Restauriert in den Jahren 1981 bis  1996 mahnt die Wernerkapelle in unserer Zeit zum geschwisterlichen Umgang zwischen Christen und Juden.

Wir erkennen heute, dass wir viele Jahrhunderte der Blindheit unsere Augen verhüllt haben, sodass wir die Schönheit deines auserwählten Volkes nicht mehr sahen und die Züge unseres erstgeborenen Bruders nicht mehr wiedererkannten. Wir entdecken nun, dass ein Kainsmal auf unserer Stirn steht. im Laufe der Jahrhunderte hat unser Bruder Abel in dem Blute gelegen, das wir vergossen, und er hat die Tränen geweint, die wir verursacht haben, weil wir deine Liebe  vergaßen. Vergib uns den Fluch, den wir zu Unrecht an den Namen der Juden hefteten. vergib uns, dass wir dich in ihrem Fleische zum zweiten Mal ans Kreuz schlugen, denn wir wussten nicht, was wir taten.

Papst Johannes XXIII

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